近年来，我国的电子政务建设发展迅速，许多省市已建成了覆盖面广、带宽高、稳定性强、安全可靠的电子政务网络体系，但与其他发达国家的政府信息化建设相比，还存在着一些不容忽视的问题，主要体现为：
“重电子、轻应用”是我国在建设电子政务中呈现的通病。电子政务的关键是“政务”，而不是“电子”。电子只是为政务提供支撑和服务的一种手段。提高电子政务水平的关键不在于技术，而在于对政府行为、公共管理行为的研究和改进。我国电子政务存在的另一明显问题是“重硬件、轻软件”，系统软件的开发远远滞后于物理网络的建设，由此引发一系列问题，如大多数政府和部门的电子政务应用只能维持在低水平的文件传输，没办法真正实现办公自动化，更无从谈起对民众的服务，导致资源浪费。
网站政务信息公开的程度不高，主要体现在栏目设置上：一方面，网站栏目设置以部门信息动态为主，通过新闻稿的形式报导各部门的业务动态，除人事任免公开较好外，其他深度政务信息，如计划规划、财政、采购等都没有设置专栏进行发布。另一方面，一些网站的办事指南栏目虽然以应用主题组织内容，但是应用主题的选择及分类方式还有一定的问题，不能完全覆盖企业和居民用户的全生命周期过程。
我国的政府信息化建设是条块分割，各部门自行开发自己的系统，缺乏标准化、规范化和兼容性，信息资源难以共享，出现了一个个“信息孤岛”。大多数跨部门的业务系统被牵头部门设计成了部门内系统，资源共建、共享模式没有达成共识，自建、自用和自成体系的电子政务建设模式明显，各部门自成体系，资源难以共享，业务难以协同，服务能力不强。
网络建设重复问题包括三类情况：原来已经建设了网络，没有好好利用就开始建设新的；没有充分的利用公共网络，没有很好地论证，就从物理线路开始重新建设、另搞一套网络；虽然提出了网络建设的方案，但是没有与本地的应用紧密结合。
我国电子政务建设法规不完善、标准不统一，全国发展落差很大，大部分地区还处在办公自动化与政务信息上网阶段。
完善法律和法规，从制度上保障政务信息资源共享“有法可依”；提高信息化主管部门组织协调能力，加快电子政务标准建设。电子政务的标准分为应用标准和技术标准两个层面，应用标准将配合政府职能的转变，在流程的优化的基础上逐步形成。而技术标准必然的联系到政府部门之间电子政务体系的互联互通，并涉及到政府信息的保密与安全，是电子政务规划与建设中必须首先考虑的问题；建立统一的电子政务外网平台，有效整合利用现有资源，实现部门间的互联互通和政务信息的共享，通过立法加强电子政务的监督机制，从法理上保证政务信息资源共享。
着力营造电子政务的浓郁氛围，利用电视、广播、网络等资源加强电子政务的宣传，增强全体公务员，尤其是领导干部的电子政务意识；加强对公务员队伍的培训工作，培养公务员利用电子政务办公的能力和习惯，通过培训提高公务员的电子政务意识，从思想上接受电子政务，在工作中发挥电子政务的作用；要把公务员操控和使用电子政务水平作为公务员业绩考核的一项内容，从制度上强化公务员使用电子政务办公的能力和水平。
政府要统筹管理部门和地方政府的电子政务建设，重视网络的整合；要充分的利用社会资源建设电子政务，提高外包水平。要考虑到后期维护的成本，如政府的服务器，能外包的（如不涉及国家重大机密）应尽量托管给电信运营商，而不是花费大量人力物力去建设一个崭新的机房，然后每年追加大量的维护费用。部门和地方政府要摒弃“重建设”、“轻应用”的思想，建设电子政务应立足于应用，使电子政务建设充分的发挥效用，提升工作效率。
四、建议借鉴国外立法的成熟经验，结合我国电子政务的真实的情况，尽早出台电子政务法规。
目前为止，我国尚未有一部统一的电子政务法规。国际上，美国国会于2002年1月23日通过了《2002年电子政务法案》，韩国在2003年5月对其《政务电子化促进法》进行了修订，奥地利于2004年3月1日起实施《电子政务法》。建议借鉴国外立法的成熟经验，结合我国电子政务的真实的情况，尽早出台电子政务法规，为电子政务健康发展保驾护航。
五、建立完备的信息安全管理和认证机制，保证政务内网和专网的信息安全和网络安全，消除电子政务安全隐患。
电子政务安全是一个复杂的系统工程。仅从安全威胁的来源看，可大致分为内、外两部分。来自于外部的威胁有病毒传染、黑客攻击、信息间谍、信息恐怖活动、信息战争、自然灾害等，而来自内部的威胁则包括内部人员恶意破坏、管理人员滥用职权、执行人员操作不当、内部管理疏漏、软硬件缺陷等。
根据国家计算机网络应急技术处理协调中心的统计，2006年网页篡改在大陆发生13000多次，其中1/6攻击对象为政府网站。目前，信息安全事件还主要局限于篡改网页和直接攻击，当然也不排除更大更严重的安全威胁，如利用网站漏洞侵入后台窃取信息；散播病毒进入系统，使系统瘫痪；干扰政府网站正常为公众服务等。据国外统计，核心部位出现犯罪的部门，80％以上是内部人员所为。建议在政务网建设上，从管理体制上落实安全责任制，建立完备的信息安全管理和认证机制，保证政务内网和专网的信息安全和网络安全。