当代中国科技体系是在近现代民族危亡与复兴的时代背景下为适应各种各样工程建设需求慢慢地发展起来的，以现实性、实用性、操作性工程技术为特色，在本质上是中国传统工程技术体系的现代翻版。现代化的核心是理性化，即人的思维对于现实世界的超越和对于可能世界的建构，它要求人们面向未来、面向全球、面向形形的可能，充分发掘现代科学认识与建构可能世界的内在潜力，发挥基础科学对于现代技术的创新驱动职能及其对于现代工程的开发引领作用，积极构想人类多种可能的生活方式，把当前抽象的可能转变为未来具体的现实。
从被动适应传统需求到主动创造新的需求，是创新驱动战略的核心内容，也是中国科技体系发展面临的重大战略选择。超越对于世界先进科学与技术的复制和模仿，并不代表接下来就可以引领其发展。创新驱动战略要求基础科学优先发展。一般说来，科学是人类认识外部世界的产物，具体呈现为思想理论形态；工程是人类改造外部世界的产物，具体呈现为物质产品形态。技术介于二者之间：一方面，人类按照自己的意志作用于外部客体；另一方面，外部客体遵循着客观规律反作用于人类。技术正是这种作用与反作用相平衡的产物，具体体现为人类驾驭外部客体的能力。从这种意义上讲，技术包括根源于主体意志的工程技术与根源于客观规律的科学技术两大类。创新驱动呼唤从工程技术走向科学技术。
科学、技术与工程是同科技体系结构紧密关联又截然不同的三个概念。全面落实创新驱动战略，必须深入系统地分析创新型科技体系的结构特点，把握科学技术区别于工程技术的独特本质，推动当代中国科技体系从模仿型到原创型转变。同科学与工程相比，技术具有更为悠久的历史，首先应当是人类生存的一种基本形式，离开它，人类甚至不能够从动物界中分化独立出来，成为万物之灵。科学首先是一种认识形式，其次才可成为一种实践活动，它与工程解决的主要还是发展问题。不过在人类发展的早期，科学认识的水平还很低，不能够对技术产生实质性影响。反过来，工程首先是建立在技术基础上的，其发展可以牵引着技术向个人需要的方向茁壮成长，以至于早就形成工程技术这样一种习惯性用语。
科学技术是现代科学产生以后慢慢的出现的一个新概念，是科学工程化与工程科学化的产物。相对于从工程实践中产生的经验性技术，它首先根源于理性化的科学理论。具体说来：
第一，科学技术是以科学理论为前提和基础发展起来的。制造的曼哈顿工程和其中铀矿勘探、铀浓缩、铀同位素分离、铀235裂变、快中子反应、原子反应堆等一系列科学技术，必须以爱因斯坦质能方程式E=MC 作为思想前提，以核物理、凝聚态物理、爆炸力学、流体力学等许多相关的科学理论和大量数学计算作为科学基础。 倘若没有爱因斯坦相对论，没有相应的工程科学基础，无论如何都不也许会出现这一系列科学技术的。 如果说科学技术根源于外部客体，工程技术则直接根源于主体自身。 它首先依靠能工巧匠的直接经验、技能与智慧发展起来。 中国古代万里长城就是这样的工匠智慧的杰出典范。
第二，科学技术是以逻辑演绎作为技术发展路线的。科学是它的源头，技术是以工程作为边界条件从科学理论中演化出来的，而工程反过来成为科学技术的一种应用。所以，它要求基础科学优先发展。曼哈顿工程首先或主要是科学家搞起来的，中国的“两弹一星”也主要是依靠留学归国的科学家搞出来的。近年来所谓的“卡脖子”技术，正是这样一种科学技术，它内在蕴涵智能化、无人化这样一种势不可挡的发展的新趋势。而工程技术以经验摸索作为技术发展路线，是在工程实践中感悟出来的一种技术。无论晚清在洋务运动中所建立起来的近代中国科技体系，还是新中国在工业化过程中重构起来的现代中国科技体系，在本质上都是由一系列工程建设项目牵引而逐渐发展完善的工程技术体系。由于先天就缺乏内生的源头性科学理论作为先导，创新驱动固有的巨大威力始终不可能彰显出来。
第三，科学技术是以指数增长作为总体特征的。因为在客观知识中存在客观逻辑，从而它既可以在思维中理性推演，也可以在模拟实验室中专业化生产，其结果就蕴涵在理论前提与边界条件之中。所谓现代科学技术爆炸性增长就是由此而来的。最近人们热议的工程科学或技术科学，本质上是这样一种科学技术。这也是今天人们讨论的颠覆性创新与跨越式发展的思想前提。而工程技术则以直接经验作为前提和基础，以间接经验作为补充与扩展，进一步表现为一种新的经验形态。它的发展只能在现实的工程实践中不断摸索，且永远也超不出人的经验所能够给予的想象力的范围，并且其传承也只能是以师徒传授的古老方式在未来新的工程实践中再次加以体悟，从而累积性增长便成为它的一个总体特征。
大力加强基础科学理论研究，从自然科学或工程科学中呼唤一种新的更大的自然力，无疑是中国创新驱动战略面向未来的一种必然选择。同时随着中国经济结构、产业体系的转型升级，必然要求科技体系结构可以进行相应的调整。在这里，必须明确，现代科学化的技术已截然不同于中国传统的工匠技术。科学技术是客观的、逻辑和自主的，正在引领人类向智能化、无人化的方向快速的提升；然而以工匠技术作为核心的中国传统工程技术，却永远也不可能离开各种各样的能工巧匠而获得独立发展。全面、深入、系统地认识科学技术与工程技术的区别，以智能化、无人化为发展趋势，以颠覆性技术为发展目标，在新的历史时期，重构中国科技体系结构，从经验性的工程技术全方位地走向理性化的科学技术，显然应当成为当代中国科学技术与社会持续健康发展过程中一项十分重要的战略性任务。