当把一个政府部门的业务演变成信息系统的时候，当随着这样的信息系统的开发在做信息系统代替的时候，在把信息和应用系统一起来的时候，需要弄明白这样做的目的究竟是为了使电子政务系统能正常运作起来，还是为了探明电子政务的业务本身以及信息处理本身有什么需要改进的地方。
对于电子政务业务本身的探究，最先想到的自然是依靠信息系统来做流程的优化。但是，这套应用系统本身是从“套装”软件发展而来的，套装软件的架构决定了应用的方法。这也就是说，用原先的业务流程规则来考核，甚至来优化现有的、在本质逻辑层面上没有经过变化的业务流程，这本身就陷入了一个死循环。
杨学山认为，从业务流程发展的角度看，流程优化方面的延缓还不是最严重的。因为尽管政府机构总在调整，但是本质逻辑层面上的业务流程并没发生重大改变。
在杨学山看来，电子政务的应用目前只关注两个方面，一个是应用系统的效应能不能够满足要求，第二个计算机设备、网络能否良好运转。
而问题的重点是对业务信息相关的处理工作。在一些地方的政务网站上，信息的更新频率异常的低，对信息资源的利用远远滞后于信息系统的应用。
这就要求在电子政务的深层应用中，不单单要考虑基本工作数据和业务流程之间的联系，还应该要考虑当需要高程度集成信息时，当企业职能、政府职能层面产生信息需求时，电子政务系统该如何来满足。