风险的含义在于损失的可能性。农业供应链金融涉及的客户多，资金链条长，对相关利益人的协调性要求高，资金的安全性、流动性和信用程度都需要协同的整体管控。
众多零星分布的农户以及形成初级合作伙伴关系的农村小微企业是我国农业供应链上的主要成员，除了供应链上的有突出贡献的公司，农户和小微企业因管理成本过高或强调私密性，不大可能提供规范、透明的生产报表和财务报表。
若需了解其生产状况、财务情况，只有通过长期的密切来往才能获得有价值的带有人格化特征的软信息。因此，农户与小微企业的信息收集与处理具有鲜明的软化特征。
农产品的生物特性使其在收割、储藏、运输、加工、销售等环节都会影响自身品质，自然灾害对农业生产影响很大，在相当程度上影响着农产品的收成和质量。
基于农产品的生命周期特征，其供求关系在市场经济条件下受蛛网理论的制约。也就是当供给弹性大于需求弹性时，其供求状态趋于收敛，当供给弹性小于需求弹性时，其供求状态趋于发散。
金融交易成本包括金融机构的调研谈判成本、拟定与实施契约的成本、界定和控制产权的成本、监督管理成本等，即金融交易过程中发生的所有费用。供应链上的农户和小微企业比较分散且融资规模较小，融资成本比较高，再加上金融机构与资金需求方存在严重的信息不对称，这些都导致了各种直接融资工具难以适用于农户和农村小微企业。
商业银行具有营业网点多且贴近社会基层的特点，其资金、信息、信用的专业化管理以及与社会各阶层（包括政府）的沟通协调性一般都强于直接融资部门，其更能有效地降低金融交易成本和信息不对称的影响，因此农业供应链金融模式以间接融资为主。
我国现有的农村经济背景和农业供应链主要特征决定了农业供应链金融风险的主要特征。
（1）蝴蝶效应。在软信息被商业银行掌握的情况下，农户和农村小微企业在正常经营时主观违约的比例可能相对要小一些。但是农户和农村小微企业因经济实力不强导致抗压能力弱，一旦受到自然灾害的袭扰和市场突变的影响，在严重的信息不对称的条件下会产生“受惊而群飞”的蝴蝶效应，即产生大面积的信贷违约。
（2）羊群效应。当自然灾害和市场冲击导致农户和小微企业陷于困境时，如有一定影响力的人带头违约，很可能会产生传递作用导致其他债务人跟着违约，由此产生羊群效应式的道德风险。
农业供应链相当于一有机系统，具有系统的所有特性。当前农业生产的自然属性和广泛存在的信息不对称容易触发由偶然事件引起的被动违约和道德风险，这些被动违约和道德风险经蝴蝶效应和羊群效应放大后，有可能破坏农业供应链各成员、要素之间的协调有序性，造成信用链的断裂，供应链金融的整体性风险就会暴露出来。这种整体性风险对金融机构的破坏力很大。
由于农业供应链金融的整体性风险常常由偶发因素和供应链系统运行方式所导致，再加上农村信息不对称现象在农户和小微企业中非常严重，整体性风险在初始聚集期一般难以识别。
系统性风险与非系统性风险的本质不同之处在于，前者不能够由单家金融机构通过组合方式分散和降低风险，而后者是可以的。另外，系统性风险还有一些重要特征，如突发性、传染性和重大破坏性。
美国次贷危机引致大型投行雷曼兄弟公司于2008年申请破产保护，从而触发系统性风险，风险快速传染并导致全球性金融危机爆发就是一个典型案例。
在正常情况下，农业供应链的良性循环运行可提升农业现代化的程度，产生高的绩效，这正是农业供应链的优点所在。但在不利的自然条件、市场条件和生态环境下，农业的脆弱性会导致农业供应链积累系统性风险。
例如，大面积的干旱、土地污染和农产品的滞销就有很大的可能性在供应链中积聚造成系统性风险。农业供应链的系统性风险可能进而形成供应链金融的整体性风险。通过供应链对区域内其他产业的辐射和渗透，以及对行业内相关产业的辐射和渗透，这种整体性金融风险在一定的条件下会引发区域系统性金融风险和行业系统性金融风险。
农业供应链的产业规模越大，农业供应链金融可能形成的整体性风险越大，可能引致的区域系统性金融风险和行业系统性金融风险也就越大。
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