在电子政务建设的技术问题基本解决后，电子政务与现行法律和法规是否协调，就成为事关电子政务运行、管理和发展的关键。我国由于与电子政务运行相配套的相关法律和法规制定相对滞后，出现的一些法律问题值得研究。
一、由于现行的政府组织法中，未对本级政府与实行垂直管理的同级行政管理部门之间的协作关系做出明确规定，因而政府门户网站相互独立，难以发挥电子政务工作形式的优势
根据现行的政府组织法，如《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》等的规定，政府组织架构是条块分割的二维模式，是纵向层级制和横向职能制的矩阵结构。与这种条块管理体制相对应，我国的电子政务也是依照两条路径展开的，一条是以各级政府为主的政府上网工程及政府门户网站建设，即横向部门的网站；另一条是以“金”字工程为主体的纵向业务应用系统建设，如“金关”“金税”工程。造成各级政府门户网站难以整合工商、税务、海关等重要经济部门的电子政务系统，门户网站不能发挥综合性政府网站的作用。
在发展电子政务过程中，政府既要保障公民的知情权，又要保护公民的隐私权。而在没有制定政府信息公开法时，却在1988年就通过了《中华人民共和国保守国家秘密法》，对于保密范围、泄密责任等做出了较为系统的规定。该法特别确立的“凡不宣布公开的事项皆推定为保密”的原则，与电子政务下行政公开的要求有较大矛盾。《政府信息公开条例》只是给政府行政机关做出了规定，却不能给人大、法院和检查院设立公开信息的义务。另一方面，政务公开要求政府的职能部门将各自收集、储存并加以分析的个人数据公之于众，这将导致大量的个人数据被公开，容易侵犯公民的隐私权。然而，现行法律对于什么是隐私，怎样保护隐私，尚无明确规定。
目前国家已制定公布的标准主要有：国发[2000]23号《国家行政机关公文解决的方法》、公文文档类型PDF、JPG、GIF98格式、图像JPEG格式、信息交换平台技术方面的要求、电子公文交换处理规范、电子政务信息交换安全技术方面的要求等。但由于缺乏电子政务标准的立法，电子政务平台建设各自为政，标准不统一，没有相互连通，信息不能够实现共享，跨部门业务协同性差，安全可靠性差。例如由海关总署代收的进口产品增值税，由于海关和税务在数据格式等方面采用的标准不一样，无法互相开放，所以企业给进口产品报税，仍要跑海关、税务、银行，非常麻烦。
四、《电子签名法》只是奠定了电子签名的基础，而怎样由一个概念逐渐演变成一套制度体系却是一项长期复杂的工作
一是因为电子签名本身的安全依然是最大的问题：电子签名加密算法的两座大厦先后倒塌MD5和SHA－1这两种应用最广的电子签名加密算法被山东大学王小云教授破解；二是因为该法实施还缺乏相应的诉讼程序上的规定，仍然没有解决电子证据的问题，亦未提及相应的刑事责任；三是因为该法更偏重于规范电子商务，对于电子政务中的签章问题也没能解决。而《行政处罚法》第39条规定：“给予行政处罚，应当制定行政处罚决定书”，“行政处罚决定书必须盖有做出行政处罚决定的行政机关的印章”。并在第3条规定：“不遵守法定程序的行政处罚无效”。由此可知，电子文件和电子签章会因为行政法中没有对其法律地位及法律上的约束力的认可，没有办法获得行政机关与社会公众的认可。
我国直接保护电子政务发展的法律还没有出台，出台的多是对电子政务所依赖的计算机信息系统来进行保护的法律和法规。如《中国计算机信息系统安全保护条例》、《中国计算机信息网络国际联网管理暂行规定》等。这些法律对电子政务活动进行一种间接保护，而这种保护显然缺乏针对性，很不充分。
我国关于计算机信息系统安全保护的法规和强制性标准名目多而分散，其普法和执法多有不便，不利于保护电子政务发展。电子政务相关法规几乎都属于行政法规，是由国务院或国家部委办局制定并发布的，并非由全国人大及其常委会通过并发布的法律，行政法规的效力层次远远不及法律，在适用上也不具有法律那样最高的权威性。
现有电子政务相关法规对禁止性行为采取列举式的方法加以规定，这种方法只能约束已出现过的不良行为，而对层出不穷的新的违背法律规定的行为却难以规范。现行法律和法规难以对新情况予以穷举，如果不具有一定的灵活性和超前性，则其生命力必然有限，就会落后于快速地发展的政府信息化实践。
1994年《计算机信息系统安全保护条例》发布之时，就已经将安全等级制度作为其核心，准备制定符合我国真实的情况的等级分级标准和管理办法。但时隔6年，到了2001年我国的计算机信息系统安全等级分级标准才制定出来。可见我国立法速度与信息化发展速度的不相称。
现在，我们大部分电子政务研究人员的研究重点放在了技术层面，而关于电子政务理论方面，特别是对电子政务制度化、立法化方面的研究还很少，而这方面的研究是其它方面研究的基础。技术层面单独行动势必造成电子政务的畸形发展，而如果只是技术层面的发展，理论层面没有上去，这种发展也不会长久，甚至会带来一些不利的后果。而现在的发达国家，特别是美国、日本和新加坡等国家的电子政务已走向成熟，其电子政务的政策法规体系建设也走在了我们前面，他们的许多经验与教训都值得借鉴。因此，我们应加强对发达国家电子政务立法进行研究，结合我国真实的情况加以吸收。
立法要立足于国情，因此在进行电子政务立法研究时，必须对我国电子政务发展的现状与前景有一个清醒、正确的认识。根据电子政务发展的规律和我国电子政务发展的阶段来进行研究。不能太超前，太超前会使我们制定的法律脱离现实，没办法实现。也不能只等形势的发展，那样我们只可以是被动行事。而是要立足于现实又高于我国电子政务现阶段的情况，只有这样才可以制定出适合我国国情又具有前瞻性的电子政务法律法规。
电子政务建设是一项投资浩大的工程，为避免“一窝蜂”仿效造成巨大浪费，法律规划先行特别的重要。美国自开始信息化建设，就组成联邦信息委员会，任命“美国国家首席信息官”，从资金、人员和组织上保证电子政务立法有效推进，并颁布了各方面的一系列法规，保证了政府信息化建设的有效性，防止了资源滥用。这一点对我们很有借鉴意义。
比如，制定统一的《电子政务法》时，内容上可考虑包含电子政务组织法、电子行政行为法、电子政务监督法等相关联的内容。与此同时，应当加大配套单行法的制定和修改。
一是工程承包方的市场准入法规。即以法律形式确认承办电子政务的主体应具备的条件和从业人员的素质以及进入电子政务领域的程序。二是工程主体有关行为规范的法规。包括发包方和承包方权利义务的确认，工程管理法规，关于产品和服务的品质的法规以及工程主体间争端的解决机制。三是规范和指导监理业的法规及标准。不仅要通过法规去规范工程建设，而且要规范那些执行规范的机构，包括各级工程质量监督检测站、各级工程监理资质评审机构。
目前，我国各个地方（部门）的电子政务建设，各有各的标准。但是推动政府信息化和电子政务，关键要搞好整体规划，制定统一的技术标准，这是国外发展电子政务普遍的一条经验。我国虽然在这方面作出过一些具体规定，但至今还没有制定出政府信息化的中长期总体设计，特别是有关统一的技术标准方面，《电子政务标准》只是建立了一个标准框架，可操作性和可检验性较差，电子政务建设几乎还处于各自为战的状态。为此，我国电子政务标准的制定应在现有《电子政务标准》基础上，遵循“急用先行、成熟先上、科学先进、切实可行”的原则，从整体出发，对有助于应用、有助于取得效益的标准要先行制订发布。因为，效益越明显，系统实施越容易，标准化就越容易推行。同时，应采取民主开放的方式，遵循开放性和广泛性的原则，积极吸取社会各种力量共同进行标准的制订工作。
电子政务需要政府部门信息公开、政务公开，提高政务的透明度。因此，应在完善《政府信息公开条例》基础上制定《政府信息公开法》。一是应确定依法公开的事项。除依法免予公开的信息外，凡与经济、社会管理和公共服务相关的政府信息都应当予以公开。二是应确定信息公开的程序。我国信息公开的程序主要采取由主管部门或授权部门统一发布的方式，但单向的信息发布仍旧没办法改变行政主体与行政相对人在公共信息获取方面的不对等地位，因此应规定由社会公众启动的信息获取渠道，如申请方式等。三是应确定司法救济途径。在我国，信息公开至今还没纳入司法审查范围，因此，可优先考虑把行政复议和行政诉讼的程序纳入信息公开法。
信息不公开，政府运作不透明，就非常容易导致寻租现象，这既不符合现代政治的发展的新趋势，也不符合WTO对政府的要求。但是公开又可能使安全性受到冲击，而这也是技术所解决不了的问题。因此，就需要制定安全与保密法规。包括：通信技术的安全性法规，如各种通讯网络，Internet的安全标准；信息保密法规，如国家机密、法人秘密、个人秘密的保护等；网络间信息流动的法律和规范性文件；加密技术的法律，如加密技术的应用限制范围、使用方法等；发生安全事故后的处理机制、赔偿、补救及其它调整方法应适用的法律法规。
信息平等权是现在世界各国正关注的问题。所谓的“信息鸿沟”就是指落后地区因没能力建设电信基础设施，故没有条件通过计算机、网络等获取信息、接受先进的教育等而产生的不一样的地区和阶层间的信息权落差。从英国与新加坡的经验来看，解决这一问题是需要通过使用转移支付和给付请求权两种措施来完成。另一方面，公民隐私权保护在电子政务时代显得更为困难，因为政府透明度的提高往往造成公民透明度的提高，行政机关有获取公民信息的各种权利，而许多行政过程并没有公开，因此造成了所谓的“信息国家――透明公民”的危险格局。在实践中除了采取技术上的加密措施之外，还应当而且只能借助于个人隐私权保护立法。可见，满足公民在保护个人资料和隐私权方面的愿望，是构建电子政务法律框架一定要考虑的问题。
一是关于电子政务交互主体资格确认的法规。与传统政务活动中交互双方面对面的方法不一样，电子政务交互当事人的身份验证、资格确认以及责任承担等方面由于互联网的分隔而需要适用新的规则。二是关于电子文书的法规。在电子政务活动中，电子文书的实质和作用并没发生改变，但其形式、成立与生效、电子数据、签章、履行等方面都属于传统行政法中未能触及的全新领域。《电子签名法》虽已在2005年4月1日正式实施，但其应用场景范围仅限于电子商务领域，在政务活动和其他社会活动方面，仍需要尽快依据该法制定使用电子签名、数据电文的具体办法。三是关于电子政务行为的成立与生效、变更与消灭的法规以及行政主体实施电子政务行为所一定要遵循的步骤、方式和时限的法规。四是关于电子政务争端解决机制。在电子政务建设以及服务中出现的纠纷适用何种法律和法规、采取何种程序以及证据的效用均是争端解决机制中不可回避的问题。五是关于电子政务行为的救济法规。原则上适用行政复议法、行政诉讼法和国家赔偿法，但在操作细则上，尤其是证据方面，要遵循作用等同原则，即磁介质的信息与纸介质的信息享受同等法律地位和待遇。
我国电子政务处于起步阶段，法律规划滞后，没有统一的管理组织机构，标准不统一。因此，应尽快制定一个规范电子政务的网络与信息活动和制止网络犯罪的《电子政务法》，以加强对电子政务活动的直接保护。该法应具有适度超前性，规定一些法律原则以解决将出现的问题。该法宜由全国人大或其常委会通过，这样最高的立法层次可保证其有效实施。同时，还应逐步加快制定其它电子政务法律和法规，以形成我国电子政务较为完整的法律体系。惟如此，才能保障我国电子政务持续健康发展和政府管理的有效创新。